北京同仁堂和南京同仁堂是一脉相承，共承祖业。1926年，北京同仁堂京都乐家老铺乐笃周受家族之命，来南京筹备开分号事宜。1929年在南京城南中华路212号正式开张，挂牌“北京同仁堂京都乐家老铺南京分号”经销的丸药，丹药，散剂，药酒中药材，与北京同仁堂所售的中药相同。

至解放后1956年，药店完成社会主义改造。自此，南北同仁堂正式分家，不再有联系