首先地理位置来说，两者都位于中国上海，从院校建设来说，两者都是国家211、985、双一流建设院校。

复旦大学，简称“复旦”，位于中国上海，由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，国家“双一流”（A类）、“985工程”、“211工程”建设高校，九校联盟、环太平洋大学联盟、中国大学校长联谊会、东亚研究型大学协会、新工科教育国际联盟、长三角研究型大学联盟的重要成员，入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、卓越医生教育培养计划、卓越法律人才教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、中国政府奖学金来华留学生接收院校、全国首批深化创新创业教育改革示范高校，是一所世界知名、国内顶尖的全国重点大学。

同济大学，简称“同济”，是中华人民共和国教育部直属并由教育部、国家海洋局和上海市共建的全国重点大学，中央直管副部级高校，历史悠久、声誉卓著的综合性、研究型、国际化大学，国家“双一流”、“211工程”、“985工程”建设高校；入选珠峰计划、2011计划、111计划、卓越工程师教育培养计划、卓越法律人才教育培养计划、卓越医生教育培养计划、国家大学生创新性实验计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、中国政府奖学金来华留学生接收院校、国家级大学生创新创业训练计划、国家创新人才培养示范基地、新工科研究与实践项目、全国深化创新创业教育改革示范高校、中美“10+10”计划，全球环境与可持续发展大学合作联盟、国际设计艺术院校联盟、21世纪学术联盟、卓越大学联盟、中俄工科大学联盟、中欧工程教育平台、国际绿色校园联盟、同济—伯克利工程联盟成员。

从校友会排名来看，复旦大学排名第四，同济大学排名第23，学文科的选择复旦会比较好，学理科的话选择同济会比较好，同济的建筑类专业是很不错的。