南京银行手机银行（客户端版）分为普通版和注册版。普通版可下载客户端后自行注册开通，但转账和手机取款功能受限；注册版需本人携有效身份证至南京银行网点办理注册，网银用户也可登录南京银行个人网银进行开通。原开通过手机银行wap版的客户，可用同一帐号登录手机银行客户端版。

南京银行个人网上银行包括普通、手机、专业三个版本，网上交易涵盖查询、转账、缴费、购买国债、理财产品、卡内理财、股票基金投资、网上支付、信用卡以及贷款等业务，客户可足不出户办理银行业务。