很高兴回答您的问题，我们从整个故事背景起源说起吧。
首先《黑客帝国》的锡安当然是真实的世界，一开始，人类和机器大战，结果人类输了。但奇怪的是人类没有灭亡，而是变成了机器的。机器从人类身上获取能源显然是个假象，或者说，人类的确在做机器的电池，但这显然不是机器的目的，因为它们从人身上获取能源显然不如直接获取养活人类的那种能源来的划算。
机器没有灭绝人类，可能有两个原因吧，一方面，一开始机器就有怜悯之心，它们不希望人类灭绝，但又不再想受人类威胁，最好的办法就是囚禁他们的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，把人类作为生物电池只是副产品；另一方面，可能是机器希望研究人类以改善他们自己，同样出于消除人类威胁性的考虑，必须把人类以某种方式囚禁起来。我想对于Matrix的产生两个原因都有一点。
总之，Matrix就这样诞生了。不管第一个Matrix是怎样的，总之它就是个真到让绝大多数人都以为是现实的虚拟世界，所有人的身体都在当电池，而他们的精神都活在Matrix中。Matrix的设计者就是那个设计师了，我认为他和第三集里的机械大帝是同一个东西，它就是机器世界的最高管理程序，机械大帝是它的载体，设计师是它在Matrix里人型化的投影。当然，也有可能设计师只是最高管理程序的子程序罢了，因为机器们可能有很多事情要管，不是只局限于Matrix。
一开始，这个设计师的脑袋似乎只有一根筋，它设计的Matrix里的所有东西都是可计算的，就是在数学上是完美的，人类也必须在这个完美的数学模型中运行，但显然人类不是这样，人类的怪点子太多了，所以第一代Matrix崩溃了。他不死心，还以为这是因为人类不适应新环境，所以又以人类历史为背景重写了Matrix，但这一代Matrix又失败了。最高管理程序（或者是设计师）于是只好又编了一个研究人类心理的超级程序—它就是。在她的提示下，设计师的脑筋开始有点会转弯了。
他让matirx里的人类开始有选择，这样Matrix就更接近现实世界了，但是这个Matrix还是有问题，主要是两个：一是人类中总有1％的人不那么老实，他们总觉得Matrix不是真的，如果把他们闷坏了，Matrix还是会崩溃；一是由于Matrix系统的不断改进，一些旧的程序会不时被删除，但总有那么一些程序不想被删，它们就在Matrix里躲起来（那个人就是这类程序中的佼佼者），成为非法程序，这种程序总删不掉的话，Matrix也有崩溃的危险。
为了解决这两个问题，设计师想到了一个一举两得的办法：一方面，他让那1％不太老实的人觉醒，从Matrix中脱离，让他们在现实世界的地底造一座叫zion的城市，成为Matrix的黑客，进行抵抗运动，实际上这是完全在设计师的控制之下的，这只是一种迂回的控制，因为如果把这些人强行压制在Matrix里反而对Matrix不利；另一方面，设计师集合他能找到的所有非法程序的原始代码（应该是原始代码，因为如果设计师直接知道非法程序的代码，那它直接删就行了）编写一个叫做“救世主”的程序（代码）。
这个程序显然可以发展成非法程序的最终形式，这个程序被植入Matrix的某个人类的精神中（到底怎么选中这么一个人的，电影里没说），那么这个人就成为救世主，之所以叫他救世主是因为它的一个作用就是它是那些zion中觉醒的人类的“救世主”，因为每到zion的力量强到开始对机器产生威胁时，黑客们就会遇到先知（这也是设计师的安排），先知会告诉他们寻找救世主，说救世主能帮助他们打败机器，救世主被找到后不久，也就正好是它的超能力觉醒的时候。
这其实是他身上的那些非法程序的代码终于成熟了，这样，又在先知的指引下，黑客们和救世主来到Matrix的代码之源，救世主见到设计师，得知真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、按设计师的吩咐返回代码之源，让Matrix的代码库升级，Matrix并在此基础上升级重载，重载后的Matrix就能对付原来那些非法程序了（救世主这一身份只不过是为他的归还代码找个理由罢了）。
在救世主见设计师时，机器军队也在毁灭zion，救世主完成他的“升级代码库”的任务后还有一项任务就是从Matrix中选23个男男女女重建已毁灭的zion，当然，也许是几代之后，这23个人的后代们又会在先知的指引下去寻找新的救世主。
可悲的是，救世主往往只能选这一条路，因为如果他不这么干，设计师就会毁灭全人类。这里顺便说一下，救世主到底是人还是程序？其实，Matrix里的程序和人的精神（灵魂）的差别已经很小了，像第三集的人都有了人类的爱情和亲情，他们的不同可能仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。
所以，程序和灵魂是可以结合的。救世主其实就是以人脑为载体的人本身的精神和“救世主代码”的结合体。精神和代码已经不分了。以上是前几代救世主的命运，到了Matrix升级的循环到了第六代的时候，先知这个程序可能是研究人研究得深了，自己也变得人性化起来，逐渐变成了一个好人（正确的说是一个善良仁慈的程序），她开始收留一些非法程序，有的被她养着，有的成了她保镖，它还开始怜悯起那些觉醒的人类前赴后继但全不知情的抵抗和一次次被毁灭的结局。
因此，先知开始有了一个计划，她要通过一个方法让Matrix的升级在这一代结束。她的计划包括两个方面：一方面，她要让这一代的救世主在见到设计师时不选择进入代码之源，她的方法是让设计师稍稍改变救世主的代码，让他爱上某一个黑客（当然这一意图是不能让设计师知道的，先知可能是告诉设计师她只是要做个小实验罢了，比如说观察加入爱情后救世主的反应，第二集里设计师自己也说：“观察你的反应是很有趣的”，先知料到设计师会低估爱情的力量，认为救世主还是会选择进入代码之源。所以我觉得neo爱上trinity是先知和设计师的安排，这虽然很可悲但却合理）这样救世主为了救心上人而放弃进入代码之源。
第二集结束时，先知的这一步计划成功了，但仅有这一步是不够的，因为如果救世主不进入代码之源，那么设计师就会毁掉全人类，而且zion照样会被毁灭。所以另一方面，先知必须要给救世主准备一个可以和机器大帝（设计师）谈和的筹码，这个筹码就是smith。
先知说了，Smith是救世主程序的反面，我认为这样的程序是不可能自己形成的，smith这一程序应该是先知一手改写的。按照设计师的说法，先知这一程序是要定期检查的，不然也会危及系统，这说明先知在Matrix中的能力（或者说权限）是相当大的，她极有可能用某些方法改写了smith的程序（连法国人和印度小女孩都能编写程序，何况是神通广大的先知呢？），而且是用救世主程序的反面改写的，所以smith还是个合法程序时，他就强烈表现出非法程序的“气质”（审问Morpheus那段，他想脱离Matrix的愿望比neo还强），而在救世主身上的非法程序代码苏醒（力量觉醒）之时，smith身上的非法代码也激活了。
如果说救世主是设计师可控的非法程序最终形式的话，那么smith就是设计师意料之外的最可怕的非法程序。其实，smith是先知计划中很重要的一枚棋子，先知就是要让smith强大到设计师无能为力的地步，而只有neo可以凭借身体内与smith相反的代码将其中和，neo以消灭smith为条件换来和平。
——以上就是先知的如意算盘了，这其中有一些过程先知可以凭借她在Matrix内的精密计算和她对人类心理的深刻理解而预知，还有一些也是听天由命的，正像最后设计师对先知说的：“你玩了一个很危险的游戏”。先知基本上也就是赌一把。整个Matrix系列说的好像基本上就是先知这一人类拯救计划的执行过程。
这一代的黑客代表人物Morpheus和Trinity等人找到了这一代的救世主载体Neo。Neo在历尽磨难后终于变成了救世主（其实是必然的），他同时也爱上了Trinity（其实先知早就告诉Trinity了，这根本就是先知安排的——我们经常说的“造化弄人”实际上是不是脑子里被写进了一个程序呢？）。
（第一集）Simith在被Neo干掉之后也顺理成章地成了非法程序，能力开始成长（复制能力）。然后neo他们又从非法程序的精神领袖那里抢来了知道如何进入代码之源的程序。从这个精神领袖的话中得知，似乎每一代救世主都要找他麻烦，似乎这也是设计师的安排。
Morpheus他们在得到Neo后变得越来越神勇，原来见到Agent像耗子见了猫似的，但这时已经不怎么害怕了，还能和他们过几招。后来neo终于见到设计师，Trinity也“很及时地”遇到危险，得知救世主真相后的neo为了救心上人还是弃全人类不顾，毅然决然救了Trinity，回到现实。得知真相的Morpheus也备受打击，从此光采尽失。这时neo突然有了在现实中击毁电子的能力，当然，用了一次就晕了。
（第二集）这时，有复制能力的smith居然复制到了一个zion的人类身上还把人类的飞船都破坏了。这些飞船上有人类最厉害的武器（那种按一下机器人就死光东西，忘了叫什么了）。这时只剩下配合neo他们行动的两艘飞船了。一艘返回zion去支援那里只用非常简陋的机器人和电子章鱼拼命的人类军队。另一艘载着neo和Trinity去机器城见机器的老大——机器大帝。
途中遭被smith复制的那个人的突袭，neo双眼被刺瞎，但他在现实中感知和摧毁代码的能力却完全觉醒了，其实这是因为在第二集结束时，neo接触了Matrix的最高管理程序——设计师而成长了，他原来只能在Matrix中感知代码，现在由于学习，他也能在现实中感知代码了，原来必须接触Matrix，现在可以远程感知了（所以neo在现实中有超能力根本不是说zion也是虚拟世界，只不过是neo的能力从插卡式进化到遥控式罢了，他在现实中的超能力还是仅限于代码的）。他们干掉了这个smith，终于闯进了机器城，但Trinity牺牲了。
这时，Matrix中的smith果然已经如先知预期的那样几乎把整个Matrix里的人和程序都复制成他自己了，包括先知自己在内（至于为什么smith吸收了先知之后还是不知道这是先知的计划，这可能是因为先知这个程序即使被吸收也还是有保护代码，smith无法完全破解——只能这样理解了，不然我的文章就白写了）。Neo和机器大帝达成协议，进入Matrix消灭Smith，换取人类和机器的和平，机器大帝同意了。
结果Neo和Smith在无数Smith的注目下决战，Neo当然打不过Smith了，但是最后Smith同化Neo时，Neo释放自己的代码，和Smith同归于尽了。这时，所有被smith同化的人都恢复原状，而和Neo的决斗的那个Smith恢复成了先知（这很容易理解，因为吸收了先知的smith显然是所有smith中最强的，所以代表无数smith和neo决斗的就是先知同化成的smith，从躺在地上的先知嘴角含笑来看，先知在被smith吸收后应该是还有自我意识的，她知道自己的计划终于实现了）。
这时，进攻zion的机器大军也撤退了。第二天，先知和设计师碰面，设计师承诺遵守诺言，不再迫害那些觉醒的人类，从此人类可以在Matrix和zion之间自由选择。
Matrix里第一次升起了不带绿色的，地球成了一个人类和机器、机器城和zion、觉醒的人类和Matrix中的人类、合法程序和非法程序共存的和谐世界。革命成功了！
