从销售主体、物流、售后、商品、服务等几个问题来区分京东直营店和旗舰店。

京东直营店和旗舰店都直属于京东，京东直营店是京东为销售主体，商品和物流都属于京东直接管理，他们有属于自己的大仓库，有自己的物流系统和送货员，对于货物的正品度还是有一定的保障的，即便是旗舰店，不出意外也是正品。而且现在很多京东直营店并非是由京东采购经营，而是交给京东代运营，将商品的售卖委托给京东，一般这种配送的利润是有一定的比例的。 那么在京东旗舰店消费是否能够得到保障呢，答案是的，京东旗舰店的销售主体为厂家，二者皆有保障，两者的区别在于直营店是京东全国各地分仓发货，是由京东物流专属配送的，一般的官方旗舰店，是会自行发货，选择的快递一般是三通一达，时效方面不如直营店快。
京东自营店，听名字你就知道，商家是京东自己，它就像大型的超市，什么商品都代理，厂家可能通过的是将产品卖给京东，或者和京东合作，将货物供应给京东；而官方旗舰店，就是和淘宝的商家类似，京东就是我的一个平台，就像在超市，很多柜台实际上，并非是超市的一样。京东会给最多的流量和活动给京东自营店，反而我们得知道的是京东官方旗舰店就没有那么大的优势了，它的产品可能没有大的流量。自营店给的售后都是自己给做，是京东给售后；而官方是自己做售后。