性质不同：西安交通大学附属中学具有百年办学传统，其历史可以追溯到交通大学的前身南洋公学。西安交通大学附属中学分校是经市教育局批准成立的一所民办完全中学，2010年晋升为陕西省标准化高中（省级重点中学）。

所属地区不同：西安交大附中的地区在西安雁翔路99号。西安交大附中分校所属地区在陕西省西安市碑林区。

占地面积不同：西安交大附中分校是经西安市教育局2003年6月批准设立的一所民办全日制完全中学。学校占地面积27347㎡，总建筑面积32160 ㎡。西安交大附中占地面积133亩。