哈哈，这个问题有意思了，《火影忍者》中宇智波一族和日向一族如果通婚不是更厉害吗？个人认为这两个大族不通婚的原因有两方面，一个是维持家族的独立性，另一个就是剧情需要，岸本刻画的内容卖点也是有不同势力的利益诉求争夺而引起的，下面具体说明一下。
作为一部传统的热血动漫，火影的作者虽然参考了很多各方面的知识资料，但是并不能完全把现实中已知的很多内容完全带入动漫剧情中，可以说火影的世界实际上是拥有一个相对独立的价值观世界观体系。因此问题中提到的类似孟德尔遗传定律在剧情中也并不一定适用，我们举个简单的例子来说，也就是这些拥有器官变异类型的血继界限家族是如何维持自己身体上特殊的基因能够稳定遗传給下一代的?写轮眼也好还是白眼也把都需要足够稳定的路径维持自己的特殊遗传基因留给族群的下一代，按照火影中的设定，自然是血统越纯约好。但是按照孟德尔的理论近亲结婚是非常有隐患的，容易让后代出现一些因为基因问题产生的身体疾病或者机能问题，而剧情中并没有直接的证据标明宇智波一族或者是日向一族内部是近亲繁殖，或者是都是和外部通婚。如果都是外部通婚的话并不一定能够保证后代能够得到血继界限的继承，比如鸣人和日向一族的雏田结婚，只有女儿有白眼，博人开的是净眼，50％的继承概率，即使博人的眼睛能力更强但是实际上是剧情需要，佐助和春野樱的后代倒是有写轮眼，但是谁有能够保证持续和外部族群融合能够完整的继承能力呢？因此个人认为同时让宇智波一族或者是日向一族通婚同时继承双方的血继界限的可能性并不高，即使真滴出现这种情况，也会导致岸本不好刻画混血成员的实力定位而放弃。
而且基本上火影中的家族凝聚力都是依靠具备某些方面类似的能力特征来维持的，例如日向一族都是白眼，写轮眼一族的成员能够开启写轮眼，但是通婚以后诞生的后代倒地是属于哪一个族群就很难判定了，不可能依靠其身体上继承的某一部分的能力而限定其就是某一部分的成员，举个例子鸣人的女儿同时具备漩涡一族和日向一族的血统，而且开了白眼，那么她算是哪一个族群的后代?归类到日向一族并不完全合适吧，而博人虽然没有白眼但是实际上确实留存有日向一族得血液。所以如果随意通婚的话会给这些家族培养族群归属感和认同感造成麻烦，同时一旦不同家族产生利益纠纷的话这种混血后裔族群成员如何决定自己加入哪一个阵营就非常麻烦了，为了化解这些繁枝末节，岸本明显淡化了这些设定。
木叶村建立的基础是不同规模和能力特点的忍者家族报团取暖的结果，因此在合力取得集体利益的同时，内部如何对既得利益进行再分配就看木叶村内部各个家族的综合实力了。火影不同派系之间的矛盾冲突可以说是火影主线的导火索和发展依据。即使岸本想要传达的精神内含是创造一个能够实现互相理解的和平世界，通婚无疑是一个好的办法，当时如果真滴这样做了，不同族群之间的对立关系和矛盾就没有了。大家和和气气一家亲的话明显火影的主线剧情发展轨迹会发生比较大的变化，这是岸本不希望看到的。毕竟按照常规热血动漫的套路来说还是需要一个制造仇恨→产生矛盾→互相对立→进行斗争的阶段的，否则如果都想着通婚的话也就没有五大忍者村什么事情了，合为一体不是更好?否则完全按照纯理性的想法让千手一族和宇智波一族结合不是更厉害，甚至有机会能够量产写轮眼，但是实际上这些家族在忍者村建立之前或多或少都有矛盾和利益纠纷，不可能完全放下以前得血海深仇结合在一起。
从剧情发展的角度来说岸本是不可能让不同族群顺利通婚的，这样不利于剧情发展，没有互相之间的冲突就没有剧情发展的空间和突破口。这种一体化的融合会让各个家族的特点逐渐消失，结果就是没有任何特点和看点了。
最后总结一下，个人认为火影中日向一族和宇智波一族不通婚的原因应该是维持各自家族的血统纯洁程度和血继界限的稳定性的措施，毕竟这种互相通婚并不能保证后代的能力一定比单一族群更强，另外一方面就是剧情发展需要，既然不同家族都能够进行通婚融合了也就不需要主角鸣人来重塑忍者世界的价值观了，分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。
