药师经有五个译本：1、东晋帛尸梨密多罗（317-322）所译《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》，为《大灌顶神咒经》之第十二卷，此本也被称为《药师琉璃光经》或俗称的《灌顶经》。2.、南北朝刘宋孝武帝大明元年（457），慧简于秣陵鹿野寺译《药师琉璃光经》，已佚。3、隋炀帝大业十一年（ 615）时，于东都洛水南上林园翻经馆，由达摩笈多(即法行)重译之《佛说药师如来本愿经》。4、唐永徽元年（650），玄奘于长安大慈恩寺所译之《药师琉璃光如来本愿功德经》。5、唐中宗神龙三年（707）义净于佛光寺所译之《药师琉璃光七佛本愿功德经》。

五版本中较流行的是玄奘法师的译本，但玄奘译本中只翻译了药师琉璃光如来的那部分，没有译到其他六佛本愿功德。简洁而较易流布普及，从这方面来讲有积极作用。

佛告阿难陀：此经名为《七佛如来应正等觉本愿功德殊胜庄严》，亦名《曼殊室利所问》，亦名《药师琉璃光如来本愿功德》，亦名《执金刚菩萨发愿要期》，亦名《净除一切业障》，亦名《所有愿求皆得圆满》，亦名《十二大将发愿护持》，如是名字，汝当奉持。