医院专科分类齐全，临床科室52个、医技科室18个，其中心血管内科、心胸外科、儿科、骨科、神经内科、神经外科为重点学科。驻马店市紧急救援中心、临床医学检验中心，河南省白内障复明手术技术指导分中心、眼科网络分中心、河南省新生儿重症救护网络分中心、神经外科中心、河南省血液净化质量控制管理中心分中心、驻马店市传染病院等均设在该院。