环境工程中科院有院所：水生生物研究所、土壤研究所、地球环境研究所、地球化学研究所、海岸带研究所、生态环境研究中心、海洋研究所、资源与环境学院、工程热物理研究所、能源研究所、城市环境研究所、绿色智能技术研究院等等。

环境工程主要研究自然资源的保护和合理利用、环境污染问题的改善和防治、环境质量的提高等方面的基本知识和技能，进行环境工程建设、环境监测、污染防治等。例如：饮用水的过滤和消毒等水处理工程的规划，空气、水资源污染物的监测和分析，土壤污染、水污染问题的改善和防治等。与环境科学相比，更侧重于工程设计和污染防治等方面。