哈哈，这个问题有意思了，火影中如果纲手留住自来也火影的故事会不会改写？个人认为这种情况下自来也和鸣人的后续情况变化就比较多了，下面具体说明一下。
如果从火影忍者原有的剧情发展来看，佩恩去木叶村完全是去为主角成长送经验值的。虽然佩恩表面上杀伤了大量木叶村的有生力量，自来也也死在佩恩手上。但是由于鸣人有嘴遁一通洗脑以后佩恩居然牺牲了自己利用轮回天生复活了被其杀死的木叶村忍者，因此实际上这个阶段木叶村的损失大部分是物质上的东西。原有的剧情走向是这样的:自来也跟纲手告别前往雨忍村刺探佩恩的能力情报→与佩恩遭遇双方激战→自来也初步了解佩恩的能力特点→被佩恩弄死，有关情报传回木叶村→木叶村开始研究佩恩的能力特点→鸣人加快修行速度去妙木山研究仙人模式→鸣人回木叶村对抗佩恩→佩恩被感化木叶村解除危机。
所以如果自来也不去雨忍村刺探情报的话，与佩恩的对决就会转移到木叶村内，这个阶段鸣人也有可能留在木叶村。因此佩恩为了抓九尾肯定一开始就是下死手了，所以自来也即使有其他同伴的支持，想要干掉六道佩恩并不现实。纲手需要治疗其他在袭击过程中受伤的忍者，因此对于自来也的帮助并不会太多，这个阶段木叶村的高端战斗力就只有卡卡西，自来也和鸣人了，而且由于是在木叶村作战自来也有可能放不开，这样一来面对佩恩的特殊技能自来也同样束手无策。比如地爆天星这种封印忍者能力的技能，当初在晓组织老巢佩恩没有用全力，现在在木叶村就没有那么多顾忌了。因此自来也作为木叶村为数不多能够和佩恩硬碰硬的忍者死亡的概率依旧非常高。
而鸣人由于没有加快自身学习仙人模式的速度留在木叶村，想要像原来剧情中那样对抗佩恩基本上是不可能的。后续鸣人之所以能够和佩恩互相对抗得益于自来也死亡加速了鸣人学会仙人模式的决心，出现在佩恩袭击木叶村阶段的鸣人对于仙人模式的掌握程度已经超过了自来也，才能够抵抗饿鬼道吸收查克拉的行为。但是鸣人没有去妙木山修行的话想要依靠个人战斗力搞定佩恩基本上是没有任何希望的，最后的结果就是鸣人在目睹自来也，卡卡西雏田等人因为保护自己先后牺牲情绪收到强烈刺激最后完全尾兽化，这样一来佩恩收集尾兽的计划同样有可能告吹，以佩恩的能力想要完全控制暴走状态的九尾并不现实。而且由于不知道佩恩还有本体控制鸣人可能没有机会利用嘴遁感化佩恩，整体上来说还是木叶村损失严重。
即使自来也不去雨忍村，佩恩为了收集尾兽还是要到木叶村找鸣人，因此二人的对决依旧不可能避免，最后自来也依旧会输在佩恩手里，自来也可没有鸣人的主角光环加持，嘴遁效果也没有漩涡鸣人那么好。
火影忍者的整体风格还是属于常规范畴的励志型热血动漫，因此从剧情发展角度来看反派角色是占不到整体优势的，而正篇角色也不可能输的一塌糊涂，总会有办法的逆袭的。因此如果自来也没有去雨忍村，最后有可能捡回一条命来。关键在于鸣人的特殊能力和长门的性格特点方面，一方面鸣人拥有嘴遁，火影中最强的洗脑技能，只要鸣人一开口基本上就确定主角赢了。因此即使在佩恩入侵木叶村的初始阶段因为不清楚佩恩的能力特点让木叶村战斗力损失惨重，最后依靠鸣人的嘴遁也可以让佩恩发动轮回天生。所以对于木叶村的忍者来说，只要保证鸣人或者就行了，其他主要角色死了没事。卡卡西和自来也有可能为了掩护鸣人而牺牲，这个阶段的鸣人不启动九尾模式的话依靠掌握不完整的仙人模式是打不了佩恩六道的，只能够依靠仙人模式的感知能力尽快寻找佩恩的本体位置，只要找到了佩恩的本体后面的剧情基本上就和以前的没多少差别了。无非就是前面加一点打斗的桥段:自来也和卡卡西对抗佩恩→被佩恩弄死→鸣人发飙和佩恩硬碰硬发现也打不过→赶紧使用仙人模式的感知能力找到佩恩的本体→佩恩被洗脑使用轮回天生复活自来也和卡卡西。
长门其实内心并没有太多的权利欲望，他努力提升自己的实力是希望能够保护对于自己最重要的人。因此佩恩在某些方面并不能说是一个传统意义上的反派角色，他的人生道路是被宇智波斑强行安排的，利用轮回眼的特殊能力能够让宇智波斑最后复活，所以长门的本性并不是那种十恶不赦的角色，这样一来才能够被漩涡鸣人顺利洗脑。
佩恩和小南之所以走向黑化的过程与其小时候的各种经历有关系，加上宇智波斑的暗中操作让二人对于火影忍者世界的原有格局失望了。因此迫切希望建立所谓的新世界，但是实际上二人只不过是被宇智波利用的工具而已。所以如果有人能够把二人对于未来预期的困惑说清楚佩恩（长门）是有可能放下以前的执念的。毕竟体验痛苦的话鸣人一路走来的经历并不比佩恩少，这样一来在佩恩入侵木叶村的初始阶段让自来也发现佩恩的特点以后和鸣人配合开始进行洗脑的过程，由于有自来也的加入搭配鸣人和卡卡西还是勉强能够和佩恩僵持一下的。最后的结果有可能就是佩恩被鸣人感化，开始反对宇智波斑的阴谋计划。毕竟佩恩在剧情中的作用除了推进剧情发展以外就是送经验的，只要鸣人出现反派角色基本上都会受到克制，导致原本的实力发挥不出来。
最后总结一下，如果自来也不去雨忍村刺探情报后续剧情的发展变化是非常多的，不过个人认为还是会以鸣人说服长门的情况比较靠谱，当然也不排除鸣人最后完全失控自来也牺牲的情况发生，毕竟每一个火影迷对于剧情走向的发展看法是不一样的，分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。
