申请公积金贷款时，为了以后方便还贷，申请人同公积金管理中心、受委托银行三方签订公积金代扣还款协议。协议生效后，受委托银行在还款的第二月开始的每月10号左右从指定的公积金账户中扣除贷款人当月该还款的金额到该银行的还款账户里，用来抵消公积金贷款。当银行扣除成功后，公积金管理中心会及时记录公积金贷款申请者的还款情况。如果该贷款人的公积金账户月入账金额小于应还金额，那么，贷款人需要向委托银行的个人银行还贷账户里存入差额来补齐。如果贷款人没有及时偿还公积金贷款，那么管理中心将会记录当期为逾期还款，借款人在归还时就要多缴纳一部分罚息。