在九十年代以前，亳州还只是阜阳地区的一个县，那时的阜阳作为一个地级市，一个统辖利辛、蒙城、涡阳、亳州、太和、界首、临泉、阜南、颍上的地区权利最高的行署机构，管辖众多的农业人口大县，从发展到规划会造成地区的发展不平衡，为了加快发展，在2000年5月，亳州脱离阜阳市管辖单独化为地级市，直管利辛、蒙城、涡阳三县。

在2000年5月以前，亳州还是阜阳管辖的一个县，属于上下级的隶属关系，自2000年亳州成为地级市以后，和阜阳已经是平起平坐的"同志加兄弟"关系。

亳州目前经济发展迅速，打出了全国“医药之都“的名气后，中外客商、商贾云集成为全国乃至世界的中药材最大的集散地。

虽然亳州和阜阳已经没有了上下级之间的隶属关系，但由于之前的地缘关系和血浓于水的亲情存在，官方与民间的私下往来仍较为紧密，尤其是在融入长三角之后，亳州与阜阳相互提携、携手并进可能会成为以后经济发展的常态。