清朝是我国最后一个封建王朝，也是古代官制典章的集大成者。在清代官制中，总督是地方行政长官，而尚书是京城部院之首。至于两者谁高谁低，谁的权限更大，类似总公司的部门经理与分公司老总，只能说因人因时因势的不同而有所区别。
总督是正二品官员，凡加尚书衔者为从一品。
按照清代官制，各省总督空缺“开列具题”，凡外官不分满、蒙、汉，应升人员一并开列。按照惯例，总督由都察院左都御史开列，以各部侍郎以及各省巡抚升任。总督的职责是：
“掌总治军民，统辖文武，考核官吏，修饬封疆——《清朝通典》”
因此，总督所管辖省份的一切军政民务，都由其负责。总督不仅负责考核所属官吏，其三年大计、分年查阅营伍、考核将弁，悉由总督专管。文官道、府以下以及武官副将以下，皆由总督奏请升调及罢免，每三年大比，由督、抚一同担任监临官，武科充当主试官。此外，总督还需要办理对外交涉事务。
清制，凡是不设置巡抚的省份，由总督代为处理巡抚事务；总督有时也会兼管河道和盐务，比如，直隶总督兼管长芦盐政，两江总督兼管两淮盐政等；另外，有的总督还有特授职务，比如1864年，直隶总督加钦差大臣、三口通商事务，授为北洋通商大臣，并统管天津、山东、奉天海关。
清朝设有八大总督，分别是直隶总督、两江总督、闽浙总督、湖广总督、陕甘总督、两广总督、四川总督及云贵总督。1905年，加设东三省总督，管理奉天、黑龙江、吉林。
尚书是从一品官员，也是清廷“六部一院”的长官。
“六部”是清廷最重要的行政机构，尚书在清代官制中地位显赫，许多还担任军机大臣、大学士，并且直接听命于皇帝。
吏部位于六部之首，主管文官的铨选、考核、任免、升降、调动等事务。从实际情况来看。吏部的职责其实很有限，只能管理朝廷直属机构的中、下级官吏，因为级别较高者由军机处秉承皇帝的旨意任免，而地方各省的中、低级官吏，大多由各省督、抚任免。
礼部负责国家的典礼、学校尤其是科举考试。
六部之中，户部管理财务，吏部管理人事，地位最为突出；刑部掌管生杀予夺，兵部督军，也颇有势力；礼部负责礼仪性质的工作，可谓清水衙门；工部地位最低。
“一院”指的是理藩院，是清朝主管外藩一切政令的机构，主要负责满、回、藏等地统治阶层的封授、觐见、朝贡、官吏升降等事务。此外，附属国与大清的往来事务，也都由理藩院办理。
就尚书与总督这两个职位的品级而言，尚书在理论上略高半级。但在实际任职时，总督一般会兼任从一品的兵部尚书或者左右都御史，同时也有不少尚书兼任正一品的大学士，比如和珅、张廷玉。
影响权限范围的因素，也有不少：
与皇帝关系好的人，明显地位更高，权利更大，比如雍正的宠臣李卫，鄂尔泰在总督任上时，明显就比工部尚书宪德的地位高；同样，皇帝宠信的尚书，地位权限也更过总督；
在清朝中前期，总督与尚书整体上还能保持均势，并相互制衡。但太平天国爆发后，朝廷为了平定起义，加大了总督的权限，还允许办团练。至此，地方督抚的职权明显开始膨胀，甚至开始逐渐脱离朝廷的掌控。
慈禧向西逃窜时，下诏各省勤王，结果地方不执行，出现“东南互保”的情形。连朝廷都控制不住地方了，尚书的权限自然难以匹敌总督。等到宣统年间，尚书像虚衔，而总督俨然已经成了“土皇帝”，武昌枪响，各省总督纷纷独立。
清朝的尚书，职责与权限上是纵向的，如同一条线，朝廷有权威时，他们地位显赫；总督的职权是横向的，管理一块区域，施展空间更大，朝廷衰落时，他们就是一方诸侯。
