中国科学院上海有机化学研究所（英文：Shanghai institute of Organic Chemistry,Chinese Academy of Sciences），简称上海有机所，是一个集基础研究、应用研究和高技术创新研究为一体的综合性化学研究所。有机所创建于1950年6月，是中国科学院首批成立的15个研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化学研究所。1998年上海有机所首批进入中国科学院知识创新工程。

上海有机所以多学科交叉为特色，以有机化学基础研究和应用基础研究为主导，围绕人口与健康、资源与环境、新材料三大领域，重点突出健康和生命、环境和生态系统、资源利用与开发、新材料、能源开发应用和国家安全等领域中相关的基本有机化学课题等六大研究方向。

截至2018年8月，全所有2个国家重点实验室，4个中国科学院重点实验室，以及设有中科院生物与化学交叉研究中心，职工798人，在学研究生627人。