南京大学医学院是985重点大学档次，因为南京大学是著名的985国家级重点大学，在全国大学排位都是前6位，南京大学历史悠久，是文理并重的综合性大学，在全国都有很高的知名度，南京大学医学院也有很好的知名度，南京大学是教育部直属院校，享受副部级待遇，校长及党委书记都是由教育部任命。所以说南京大学医学院层次是很高的院校。