福建省交通运输厅共有以下直属单位：省高速公路有限责任公司，省交通技术学院，省公路局，省港航局（省地方海事局），省运管局，省交通规划设计院，省交通科研所，省交通建设工程监理站，交通工程造价站，省交通建设工程监理咨询公司，省交通规划办公室，省交通信息通信中心，省交通厅人才交流服务中心，《中国交通报》驻福建记者站，湄洲湾港务管理局。