游戏分为六章。

第一章讲述了地球联邦的一个殖民地遭到外星人毁灭打击后,其他边缘殖民地紧急隔离。其中马萨拉殖民地警长雷恩为了帮助死水站人民撤退,得罪了联邦,并受到通缉。这使他夹在异形生物的攻击与联邦的追捕中。紧急中抵抗组织领导蒙克多救了他,他便为蒙克多服务,公开抵抗联邦。

在这一过程中,他认识了迷人的特工凯瑞更少尉,一起的战斗中他们产生了感情。但蒙克多为了击败联邦,竟然牺牲了凯瑞更,并将异形引导致联邦首都行星,无数平民被异形杀死。雷恩很气氛,他明白蒙克多利用所有的人帮他实现了人族帝国的梦想,他摧毁帝国的防御系统,逃向外层空间。

。。。。。。最后蒙克多登基成为皇帝。

第二章讲述异形主宰如何成功入侵神民家园爱之星。另一条线索是被异形感染而变异的凯瑞更的成长,她完全丧失了人性。

第三章讲述神民抵抗异形的入侵。最后神民执行官塔莎达牺牲生命摧毁主宰。同时神民付出惨重的代价。

第四章讲述部分神民逃往黑暗圣殿骑士的家乡暗夜之星,但同时带来了异形的感染。凯瑞更利用这点欺骗神民,杀死执法官阿尔达瑞斯。最后暗夜之星的异形被黑暗水晶与光明水晶湮灭中爆发的能量摧毁,同时暗夜之星的生态系统也被毁灭性的破坏。

第五章讲述地球联合理事会罢免人族帝国皇帝蒙克多,并俘获新异形主宰。

蒙克多被雷恩救出。

第六章讲述凯瑞更再一次利用个个利益集团的矛盾达到自己的目的。她杀死了很多高贵的灵魂。最后的结尾令人心寒。地球联合理事会派出的舰队被凯瑞更的异形全灭,没有一个人逃回地球报告发生了什么事;蒙克多逃回哈克尔行星自舔伤口,并打算重建他的人族帝国;神民民选官阿坦尼斯回到暗夜之星重建他们曾经辉煌的文民;雷恩,黑暗圣殿骑士主教泽拉托踏上各自的流浪路程。

只有她,凯瑞更看着她如狼似虎的虫群而作威作福,她似乎就是宇宙的女皇。邪恶暂时得胜,但凯瑞更隐约感到一个新的威胁。。。。。。。。

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