没关系，分别成立的。就像南京稻香村和北京稻香村一样，也没关系。

拓展资料：

北京同仁堂创建于1669年（清康熙八年），乐咸阳创立了同都仁之堂药店； 1723年（清雍正元年），皇帝任命同仁堂岛交给清代皇家药房。第八代皇帝；同仁堂中药炼油厂始建于1957年，是中药西化的先驱。铜仁堂工厂和商店品牌于1979年恢复；北京同仁堂科技发展有限公司成立于2000年5月。在香港创业板的上市是在中国的A股早期剥离，同仁堂麦尔海生物科技有限公司于5月成立。开始了在生物工程领域的初步探索。

南京同仁堂成立于1926年，在南京开业。它的前身是北京同仁堂京都乐家的老店南京分号。它以创始人的姓命名。 1955年，它更名为南京同仁堂药业有限公司，这是一家公私合营的公司。 1957年更名为南京同仁堂药厂。 1998年，南京同仁堂药业有限公司改制成立。