旧剧场版（<死与新生>、<AIR>）与普通版（TV版）没什么区别 是对TV版的诠释和交代

新剧场版（序、破、Q）则是对TV版的改编 主要剧情不同点在于：

1 3号机驾驶员由东治换成了明日香 而且都没有死

2 S2机关被去掉 真嗣凭借意志力直接将初号机神化 总部被攻陷时成功救回凌波本体（TV版里真正的原版凌波挂了）

3 增加了真希波这个角色及新机体

4 薰没有在NERV卧底 直接从月球杀过来了（Q里会交代原因）

5 日常生活的戏份增加了 比以前和谐了不少

6 凌波和真嗣的感情戏增加了 明日香也是

7 真嗣更爷们了