南京六朝博物馆由贝聿铭儿子贝建中设计。因为特别喜欢贝聿铭先生设计的北京香山饭店建筑风格，到南京特意去参观了六朝博物馆。果然建筑风格与香山饭店一脉相承。简单的线条，充足的采光，几何型内饰，白色主基调。
2008年一段长25米宽10米的夯土城墙被发掘，经考古鉴定为1700年前的都城遗址，这个遗址于是被确定为六朝博物馆的馆址。南京是东吴东晋宋齐梁陈六朝的都城，称六朝古都。六朝博物馆是国内展示六朝文物最全面的遗址博物馆，也是反映六朝文化最系统的专题博物馆。
镇馆之宝除了负一层的都城遗址，还有“釉下彩羽人纹盘口壶”和“青瓷莲花尊”。
