被驯养大的布鲁和野性的珠儿曾被认为是世界上最后的斯皮克斯金刚鹦鹉。在经历里约热内卢的冒险后，布鲁和珠儿在美丽的自然保护区成立了一个家庭，这个家庭的成员有布鲁、珠儿和他们的大女儿卡尔拉/Carla，二女儿碧娅/Bia，以及小儿子提亚戈/Tiago。

最最濒危的鹦鹉夫妇有了新同伴，路易兹、拉斐尔、布鲁、派卓和尼科在Rio2中亦悉数回归。布鲁坚持给孩子们做煎饼，随身携带各种电子产品——一点也没个金刚鹦鹉的样子！不过这都没什么大不了的，因为布鲁的前主人琳达已经离开她在明尼苏达州的舒适的家，和鸟类保护学家图利奥一起生活在保护区。鸟类保护学者图利奥和他的女朋友琳达热衷于深入亚马逊丛林，来探索斯皮克斯金刚鹦鹉的踪迹。

但是，珠儿温文尔雅的前男友罗伯特突然出现在珠儿面前，因为人类，珠儿以为她再也见不到罗伯特了，从分离开始，珠儿不再相信人类。爱情的火花似要再度燃起，

这让布鲁变得有些偏执。平静的生活被打破了，珠儿发现了她失散多年的父亲和家族，它们在亚马逊丛林中被发现了，珠儿的父亲，家族族长“爱德华多”( Eduardo )，根本不相信人类——无论他们看上去有多善良。爱德华多不接受被驯养大的布鲁，即使他已经学会了飞翔。但是鸟儿们的栖息地正面临危机。除此之外，奈杰复仇团也对这个珍奇的物种虎视眈眈，决心要向金刚鹦鹉家庭报仇。