部委命令属于部门规章。部门规章和地方性法规发生冲突，应该由国务院提出意见。

【依据】

《立法法》第86条第一款第（二）项的规定，地方性法规与部门规章之间对同一事项规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地主性法规；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。