南京农业大学的学位与研究生教育已有79年的历史。学校的前身金陵大学农学院和中央大学农学院分别于1936年和1940年开始招收研究生。1952年全国院系调整成立南京农学院，同时开展研究生培养工作。“文革”期间，学校迁址扬州与原苏北农学院合并成立江苏农学院，研究生教育中断12年。1978年我校恢复研究生教育，1981年成为全国首批有权授予博士、硕士学位的单位之一。1999年，被国家教育部和国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理工作先进集体”。2000年6月经教育部批准建立研究生院。是全国兽医专业学位研究生教育指导委员会秘书处单位。经过几十年的发展，南京农业大学已成为我国培养高层次专门人才的重要基地之一。

南京农业大学具有良好的研究生培养条件和指导力量，是“211工程”和教育部“985优势学科创新平台”建设单位。现有4个一级学科国家重点学科，3个二级学科国家重点学科，1个国家重点培育学科，8个学科入选江苏高校优势学科建设工程项目，5个江苏省一级学科重点学科。有13个博士后流动站、16个博士学位一级学科授权点、32个硕士学位一级学科授权点，培养研究生的学科专业涉及哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学和管理学等10个学科门类。有博士研究生指导教师410余人，硕士研究生指导教师1000多人，有国务院学位委员会学科评议组成员12名，全国专业学位教育指导委员会委员5人。2000年开始专业学位研究生培养，有兽医博士、兽医硕士、农业硕士、工程硕士、公共管理硕士、工商管理硕士、风景园林硕士、会计硕士、金融硕士、翻译硕士、国际商务硕士、社会工作硕士、中药学硕士、法律硕士和图书情报硕士等15种专业学位授予权。1978年以来累计培养了30000多名研究生，其中博士研究生5900多人。2014年底，各类在校研究生9400多人，其中博士研究生2100多人、全日制学术型和专业学位硕士研究生5500多人、在职攻读专业学位研究生1800多人。培养的研究生受到了用人单位的广泛好评，很多研究生在工作中做出了突出贡献，先后获得了12篇全国优秀博士学位论文和14篇提名奖。

研究生院成立后，已先后召开了三届校研究生教育工作会议，各届会议的主题分别为：“抓住机遇、积极发展”，“规范管理、保证质量”和“以质量为核心、以创新为灵魂”，围绕着“规模、结构、质量、创新和管理”等重点主题逐步深入，为保证新世纪的研究生教育质量和学科建设水平做出了战略选择和制度安排，其中“农科博士生教育质量保障体系建设”获得江苏省高等教育教学成果二等奖。目前承担教育部专业学位研究生教育综合改革试点项目和江苏省教育体制改革试点项目各一项。