“亳”这个字历史悠久，商朝延续几百年的都城都在“亳”，有东亳、西亳、南亳、北亳，其实就是今天商丘、亳州那一圈儿，周时在亳建立焦国，秦在此设立谯县，从此叫谯县，直到北周时，谯县为成军政重镇，县已不符合其身份，于是改为亳州，并设立总管府，统辖周围数州，随着朝代更迭，亳州或是州、郡、县的建制，到了清朝亳州并入颍州版图，乾隆还在颍州建立新县并赐名阜阳县，民国初年颍州撤销，亳州降为县归了阜阳管。
新中国成立之初，阜阳地区下辖10个县市，地区庞大，这里面就有亳县，亳县曾在1948年咱们给成立过地级市，但6个月以后又降为县，复称为亳县。80年代开始正式开始改革开放，城市经济发热，为了让经济发达的城市带动较落后的农村，掀起了“地改市”和“市管县”的改革，到了83年的时候，安徽省也在讨论关于行政区域调整的议题，其中就有关于阜阳辖区太大考虑调整的想法。
亳县在历史上有撤县建市的背景，又是有着三千多年历史的古城，经济较好，但由于亳县处于最西北，有人建议提地理位置更优越的涡阳，当时还是有些竞争，亳县积极运作相关事宜，首都对撤县建市有些硬性指标，其中就有城市人口过10万，亳县刚好达到要求，另外亳县提交的报告是恢复亳州市，而不是新建亳州市，相对容易些，于是在1986年亳县正式撤销县建制，设立县级亳州市。
90年代以后，亳州还是县级市时，旁边的阜阳区县太大，那几年经济下滑，阜阳财政困难，而亳州是省辖的，经济发展的较好一批县城，财政比较富余，而且亳州完全满足当时民政部《调整设市标准》的38号文件，为了加速城市发展进程，也为了分解阜阳的困难，于2000年从阜阳分出了几个县，有蒙城、涡阳、利辛，正式成立了亳州地级市。
