根据个人所知，一般企业工资都是下打上，你离职的时候很有可能有一个月或者有一部分工资没有发放的，既然签订了培训协议，说明你和公司有着合同义务，现在你离职，违反了培训协议，按照协议返回公司承担的培训费也正常。

至于你说的你离职手续已经办完了，再弄赔偿培训费，要不人资已经核算结束了你的工资足矣弥补费用，要不就是人资工作流程有问题了，总之，既然你签订了协议，表明你同意这件事儿的，你违反协议在先，按照协议赔偿正常