首先，量子比特的实现方式不一样，光学量子计算主要以光子的偏振自由度，角动量等为量子比特，超导基于约瑟夫森结，可以是flux或者charge作为量子比特。光学目前可以做到10个纠缠光子，进一步往上提高非常困难，产生几率非常小。而超导方案的扩展性比较好，IBM与Intel都已经做到50个量子比特(没有演示算法)。光学的逻辑门操作主要通过偏振片实现，而超导的逻辑操作通过施加射频信号来实现。

另外，光子是飞行比特，存储光子比较困难。超导器件的加工工艺与CMOS工艺兼容，超导需要工作在极低温下。