600多年前，明太祖朱元璋嫡孙——建文皇帝朱允炆因在燕王朱棣谋夺帝位的“靖难之役”中不知所踪。从此，关于建文帝的下落众说纷纭，猜测不断，这一史实也被史学家称为“明史第一谜案”。

第一种说法是自焚说。

据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。

领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役”，不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。

建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。

燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落，宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之，燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹，其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。

第二种说法是削发为僧

清代名人吕安世和近人蔡东藩等则认为燕军破城后，建文帝无可奈何，遂想一死了之。此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你，我一直把它秘密收藏在奉先殿内，群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了建文帝等三个人的名字，还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其它人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”据此，建文帝三人剃了头，换上了憎衣，只带了九个人来到鬼门。

鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门，仅容一人出入，外通水道，建文帝弯着身子出了鬼门，其他八人随之出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他怎么知道我有难，僧人答道：“我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”至此，建文帝似削发为僧，继承了祖业。

此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。

综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实，但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜，各类词书字典，也只好注明：“建文帝不知所终”。