谈几点，供你参考：

1、按合同有关要求，合同工程量清单不能作为结算依据；当然也不能作为材料采购依据（应该说这是施工单位的失误）。

2、你所述在施工过程中甲方逐步确认施工内容，才进行施工，即边设计边施工。造成按照合同清单进行采购材料大量剩余，建议走设计变更处理（因为设计变更是甲方提出的）。

3、报设计变更费用时，把用不到或是用不完的材料全部算进去即可。当然，处理过程要取得甲方的理解和同情，就好办多了。