政府组织：国家海洋局系统，其下有北、东、南三大海区分局，一、二、三三个海洋研究所，加上各级政府下属的海洋管理部门。这些政府部门的特点就是偏重法规和行政上的管理，公务及科研任务为主，具体的保护工作他们并不参与，宏观上的指导更多。

事业单位：各沿海地区政府都设有下属的海洋环境单位，例如海洋环境监测中心、海洋环境预报台、海洋资源利用方面的研究所和各级自然生态保护区单位，这些单位的工作也基本上与政府部门相同，但工作细致一些，直接面对海洋。

另外还有中科院、中国水产科学研究院、各海洋大学等主要以科研、教学为目的的单位。