中科院旗下机构：

12个分院

北京分院、沈阳分院、长春分院、上海分院、南京分院、武汉分院、广州分院、成都分院、昆明分院、西安分院、兰州分院、新疆分院

100多家科研院所

数学与系统科学研究院

物理研究所

理论物理研究所

高能物理研究所

力学研究所

声学研究所

理化技术研究所

化学研究所

国家纳米科学中心

生态环境研究中心

过程工程研究所

地理科学与资源研究所

国家天文台

*云南天文台

*新疆天文台

*长春人造卫星观测站

*南京天文光学技术研究所

遥感与数字地球研究所

地质与地球物理研究所

*兰州油气资源研究中心

青藏高原研究所

古脊椎动物与古人类研究所

大气物理研究所

植物研究所

动物研究所

心理研究所

微生物研究所

生物物理研究所

遗传与发育生物学研究所

*农业资源研究中心

北京基因组研究所

计算技术研究所

软件研究所

半导体研究所

微电子研究所

电子学研究所

自动化研究所

电工研究所

工程热物理研究所

国家空间科学中心

光电研究院

自然科学史研究所

科技战略咨询研究院

信息工程研究所

*数据与通信保护研究教育中心

空间应用工程与技术中心

北京综合研究中心

天津工业生物技术研究所

山西煤炭化学研究所

大连化学物理研究所

金属研究所

沈阳应用生态研究所

沈阳自动化研究所

海洋研究所

青岛生物能源与过程研究所

烟台海岸带研究所

长春光学精密机械与物理研究所

长春应用化学研究所

东北地理与农业生态研究所

*农业技术中心

上海微系统与信息技术研究所

上海技术物理研究所

上海光学精密机械研究所

上海硅酸盐研究所

上海有机化学研究所

上海应用物理研究所

上海天文台

上海生命科学研究院

*上海巴斯德研究所

上海药物研究所

上海高等研究院

福建物质结构研究所

宁波材料技术与工程研究所

城市环境研究所

南京地质古生物研究所

南京土壤研究所

南京地理与湖泊研究所

紫金山天文台

苏州纳米技术与纳米仿生研究所

苏州生物医学工程技术研究所

合肥物质科学研究院

武汉岩土力学研究所

武汉物理与数学研究所

武汉病毒研究所

测量与地球物理研究所

水生生物研究所

武汉植物园

南海海洋研究所

华南植物园

广州能源研究所

广州地球化学研究所

*长沙矿产资源勘查中心

广州生物医药与健康研究院

深圳先进技术研究院

亚热带农业生态研究所

深海科学与工程研究所

成都生物研究所

成都山地灾害与环境研究所

光电技术研究所

重庆绿色智能技术研究院

昆明动物研究所

昆明植物研究所

西双版纳热带植物园

地球化学研究所

西安光学精密机械研究所

国家授时中心

地球环境研究所

近代物理研究所

兰州化学物理研究所

寒区旱区环境与工程研究所

青海盐湖研究所

西北高原生物研究所

新疆理化技术研究所

新疆生态与地理研究所