中山医学院前身是中山医科大学，是卫生部直属的11所医科大学之一，在2001年与中山大学合并，现为中山大学的一个院系。中山大学是华南地区影响力最大的985，211，双一流高校。中山医学院是中山大学实力最强的院系之一，其基础医学、临床医学、药学被评为A-，口腔医学、公共卫生与预防医学被评为B+，护理学被评为B。中山医学院在我国医学类院校实力仅次于北京协和医学院、北京大学医学部、复 旦大学上海医学院，与同济医学院、华西医学院、湘雅医学院在一个梯队。

南方医科大学，广东省属重点大学。南方医科大学位于广州市，前身是第一军医大学，是南方地区知名的医学高等院校。学校的心内科，骨科，新生儿科，外科为优势学科，有临床医学、生物医学工程、护理学、预防医学、中医学等7个国家级特色学科，其基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合被评为B+，临床医学、药学、护理学、生物医学工程被评为B。南方医科大学的综合实力在全国独立办学的医科大学里位居前列。

中山医学院与南方医科大学两者之间实力差距还是很大的，无论是专业的录取分数线，还是附属医院的实力，中山医学院都是绝对领先的。关于就业，中山医学院的学历含金量更高，中山医学院的硕博士研究生在华南地区都是很抢手的。南方医科大学的招生规模更大，其临床医学是八年制本硕博连读专业很抢手，就业率达百分之百，其毕业生在广州地区就业和深造优势很大。