1、解释不同

寿终正寝：意思是寿终：年纪很大才死；正寝：旧式住宅的正房。原指老死在家里。现比喻事物的灭亡。

无疾而终：没有病就死了，是死亡的一种最高境界。比喻事物未受外力干扰就自行消灭了，即事情的发展最终走入末路，没有任何结果。

2、出处不同

寿终正寝：明·许仲琳《封神演义》第十一回：“你道朕不能善终，你自夸寿终正寝，非侮君而何！”

白话释义：你说我不能善终，你自夸寿终正寝，这不是侮辱你，为什么！

无疾而终：《喻世明言》第18卷：“到三十六岁，忽对人说：‘玉帝命我为江涛之神，三日后，必当赴任。’至期无疾而终。”

白话释义：到三十六岁，忽然对人说：‘玉皇帝命令我做江涛的神，三天后，一定要去任职。’到了时间无病而死。

3、用法不同

寿终正寝：补充式；作谓语；含贬义

无疾而终：作谓语；指死