祝由科，自元代即列入太医院十三科，分别为大方脉、杂医科、小方脉、风科、产科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科、金疮肿科、针灸科、祝由科与禁科。明初十三科为大方脉、小方脉、妇人科、眼科、口齿科、咽喉科、接骨科、疮疡科、针灸科、祝由科、金镞科、伤寒科与按摩科。後改为十一科，增设痘疹科，改疮疡为外科，接骨为正骨科，去金镞、祝由与按摩科。清代改明代十三科为九科，为大方脉、小方脉、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼科、咽喉与正骨科。

祝由二字，最早见于医书《素问》（成书年代或说为汉晋间，或说唐初），谓上古之人治病，不用打针服药，只要移易精神、变换气质，请人施展祝由之术，即可搞定。只是，祝由术到底是一种怎样的法术？文献无征，师承早断，后来的人都说不明白。宋代王安石考证，《周礼》（成书年代约在战国）中“祝药劀杀”之“祝”，就是祝由。他说：“后世有以气封疡（即疮）而徙之者，盖变气、祝由之遗法也。祝之不胜，然后举药，药之不胜然后劀，劀之不胜然后杀”（《周官新义》卷四）；此谓治疗各种疡症（肿疡、溃疡、金疡、折疡），先用祝由术，不行再敷药、服药，再不行则动手术。

当代学者李零将古代的巫术分为十六类，所谓祝由，不过是“祷告鬼神”，为人治病而已（《先秦两汉文字史料中的“巫”》）。清代名医徐大椿也说：“（祝由）古法今已不传。近所传符咒之术，间有小效，而病之大者，全不见功”（《医学源流论》卷下）。

又有一种传说，谓祝由其实是一个人，是湘西辰州（即今沅陵）人，他的法术并未失传，即后世所谓“辰州术”（许奉恩《里乘》卷三）。此术神通广大，妙手回春不用说，还能起死回生，即有名的“赶尸”也靠这门法术来操控。

然而，大作家沈从文虽是祝由的“老乡”，却不信这个邪。他回乡采访一个著名巫师，探问“赶尸”口诀，其人答曰：“不希奇，不过是念文天祥的《正气歌》”。又请他随意表演，其人则推托，说：“功夫不练就不灵，早丢下了”。盘桓半日，不得要领。然而，沈从文似从巫师“服尔泰风格的微笑”看破了玄机：“为了一种流行多年的荒唐传说，充满了好奇心来拜访一个熟透人生的人，问他死了的人用什么方法赶上路，在他饱经世故的眼中，你和疯子的行径有多少不同？”（《沅陵的人》）

至于《鲁班经》，那是古代建筑学专著，与神秘的祝由术没有太大的关系。