自来水公司归水利部门管理，具体根据投资建设情况确定归属。如果全部或大部投资为国家，就由国资委管理，一般归属市政管理部门。如果全部或大部投资为地方政府，就有地方政府管理。如农村的自来水，一般是县（区）、乡（镇）政府管理。

水利局就是现在的水务局，政府的水行政主管部门，主要搞水利工程建设管理，防汛抗旱，水资源管理，给排水，工程建设，河湖治理保护等。