厅机关由27个处室和单位组成:15个行政处室(厅办公室、厅规科处、厅政法处、厅水资源处、厅财务处、厅人事处、厅建设处、省湖泊局、厅水保处、厅农水处、厅安监处、省防办、机关党办、水利工会、离退处),7个参公处室和单位(省堤防局、厅农电处、厅外办、水政监察总队、省饮水办、厅质监中心、厅水保中心)，5个事业单位(厅经济办、厅后勤中心、厅宣传中心、省抢险总队、厅预算中心)。 

厅直预算单位中有5个水库管理单位(湖北省高关水库管理局、湖北省吴岭水库管理局、湖北省漳河工程管理局、湖北省富水水库管理局、湖北省王英水库管理局)，3个大型泵站管理单位(湖北省田关水利工程管理处、湖北省樊口电排站管理处、湖北省金口电排站管理处)，2个国家级重要分蓄洪工程管理单位(湖北省荆江分蓄洪区工程管理局、湖北省洪湖分蓄洪区工程管理局)，4个堤防工程管理单位(湖北省河道堤防管理局、荆州市长江河道管理局、湖北省汉江河道管理局、荆门市汉江河道堤防管理处)(管理长江堤防852公里、汉江堤防767公里)，1个水文单位(湖北省水文水资源局)，1所院校(湖北水利水电职业技术学院)，1个科研单位(湖北省水利水电科学研究院)。省水利厅机关和二级单位详细情况见下表: 

序 号 

单位名称 

1 

湖北省水利厅机关 

2 

湖北水利水电职业技术学院 

3 

湖北省水文水资源局 

4 

湖北省水利水电科学研究院 

5 

荆州市长江河道管理局 

6 

湖北省汉江河道管理局 

7 

湖北省荆江分蓄洪区工程管理局 

8 

湖北省洪湖分蓄洪区工程管理局 

9 

荆门市汉江河道堤防管理处 

10 

湖北省高关水库管理局 

11 

湖北省吴岭水库管理局 

12 

湖北省田关水利工程管理处 

13 

湖北省樊口电排站管理处 

14 

湖北省金口电排站管理处 

15 

湖北省漳河工程管理局 

16 

湖北省富水水库管理局 

17 

湖北省王英水库管理局 

18 

湖北省河道堤防管理局