为适应我国社会经济快速发展对交通运输工程专业人才的需求，合肥工业大学上世纪六十年代设置汽车运用工程本科专业，1999年设置交通工程本科专业，是国内较早设置交通运输工程学科的20多所重点高校之一，也是目前安徽省域内唯一培养交通运输工程专业人才的高校。

2000年合肥工业大学获得交通运输工程一级学科下属的载运工具运用工程二级学科硕士学位授权点，并于2007年获得交通运输工程专业的工程硕士学位授权点。合肥工业大学交通运输工程学科已为我国交通运输工程行业培养大批本科毕业生和硕士研究生。合肥工业大学交通运输工程学院拥有交通规划实验室、交通控制与仿真实验室、道路工程实验室、交通环境与交通安全实验室以及校级交通运输工程实验示范中心和多个研究所（安徽省智能交通工程研究中心、交通工程研究所、道路工程研究所），并在积极申报安徽省智能交通重点实验室。交通运输工程相关实验的软硬件较齐全，具备了较先进的交通运输工程专业教学与科研的实验条件。合肥工业大学交通运输工程学院已初步形成老中青相结合、以青年教师为主体、结构合理、富有创新开拓精神的学术队伍。教师知识背景涵盖交通运输规划与管理、载运工具运用工程、交通信息工程及控制、道路与铁道工程、桥梁与隧道工程等专业，是一支完全能够胜任交通运输工程专业教学及相关科学研究工作的学术团队。合肥工业大学交通运输工程学科在载运工具运用工程研究方向具有较强的实力，先后承担几十项国家及省部级科研课题，在国内外同行内有较高的学术影响。近年来在交通运输规划与管理研究方向也有较大的发展，承担该方向多项国家与省市级科研课题，并获得近百项地方横向合作项目，交通规划领域的学术水平在安徽省乃至全国同行内已有一定的影响。合肥工业大学交通运输工程学科年均科研经费数百万元，为国家和地方经济建设做出了较大的贡献。