同公司不同账户的往来款是内部往来账，具体的做账方法如下：　　1．设置“内部往来”一级科目，借方反映公司与分公司或者分公司之间应收、预付、其他应收及转销的款项；贷方反映应付、预收、其他应付及转销的款项；借方余额反映应收内部单位款项，贷方余额反映应付内部单位款项。对“内部往来”科目的设置，一方面要考虑内部汇总会计报表的方便，另一方面还应考虑各公司对外的会计报表的编制要求。　　一般情况下，可在“内部往来”一级科目下，按款项性质分别设置“应收账款”、“应付账款”、“其他往来款”三个二级明细科目。销售货物、提供劳务的款项记入“应收账款”；购买货物、接受劳务的款项记入“应付账款”；其他款项记入“其他往来款”。在二级明细科目下再按公司和分公司分别设置三级明细科目。由于设置三级明细科目，期末各公司内部往来款余额需从“应收账款”、“应付账款”、“其他往来款”三个二级明细科目中的相关数字进行加总才能取得，因此，其核对工作量仍较大。公司一般都具有掌握与控制分公司资金的管理职能，公司可以规定各分公司之间的内部往来都要通过公司进行转账核算。　　这样，既有利于公司掌握与控制各分公可内部往来款情况，防止各分公司之间非正常的资金往来，又省却了和分公司之间往来款余额的核对工作，只要公司核对其与各分公司的往来款余额即可。如此，各分公司在“内部往来”科目下，只要设置“应收账款”、“应付账款”、“其他往来款”三个二级明细科目即可。　　期末，对“内部往来”科目余额，用于汇总会计报表的公司和各分公司的会计报表，在资产负债表增设“内部往来”项目填列。为方便汇总，可将“内部往来”项目统一设置在资产负债表的资产方或负债方，反向余额以“一”号表示，则汇总会计报表时会自动抵销。公司和分公司各自对外提供的会计报表，对“内部往来”科目余额，则应按款项性质分别还原。　　其中：“应收账款”明细余额为借方的，填列在资产负债表的“应收账款”项目；“应付账款”明细余额为贷方的，填列在资产负债表的“应付账款”项目；“应收账款”明细余额为贷方的，填列在“预收账款”项目；“应付账款”明细余额为借方的，填列在“预付账款”项目；“预收账款”和“预付账款”与“应收账款”和“应付账款”明细余额的处理雷同；“其他往来款”包括其他应收款和其他应付款，“其他往来款”明细余额为借方的，填列在资产负债表的“其他应收款”项目，“其他往来款”明细余额为贷方的，填列在“其他应付款”项目。　　2．增添“内部往来转账凭证”，应由公司财会部门设计并印制，内容主要应包括收方公司名称、付方公司名称、转账日期、内容摘要、金额(大、小写)、经办人员签章等。“内部往来转账凭证”应分为两联(收方联、付方联)和三联(收方联、付方联、总公司)两种。两联适用于各分公司与公司之间的内部转账，三联的适用于各分公司之间的内部转账。两联的“内部往来转账凭证”一般由应收款方公司填制，并加盖财务专用章，然后连同相关的发票或收据，交由应付款方公司确认并加盖财务专用章后，各以一联记账。三联的“内部往来转账凭证”还应送公司经审核并盖章后，三方各以一联记账。　　这样既能保证内部往来款项内容与金额的一致，又能做到各方记账依据的统一，保证各方往来款账目相符。同时还做到了总公司与各分公司的“内部往来”余额一致，其关键是要保证每笔对应的“内部往来”账目金额统一并同时人账。即使因工作不慎造成对应的往来款余额不符，其差异数的核对查找也相对容易。