一个是位于徐汇区枫林路300号的上海昆虫博物馆，隶属中国科学院上海生命科学研究院。其前身是法国神父韩伯禄（P. Heude）1868年筹建的上海震旦博物馆(Musee Heude)昆虫部，后因标本众多，无法储藏，于1930年在吕班路（今重庆南路）兴建新的震旦博物院。当时储藏中国所产的动植物标本为远东第一，有“亚洲的大英博物馆”之美称。1953年归属中国科学院上海昆虫研究所，2001年并入中国科学院生命科学研究院植物生理生态研究所。2002年组建上海昆虫博物馆，由上海市科学技术委员会和院、所共同投资2000万元专项资金建成。

还有一个是位于陆家嘴金融贸易区，在陆家嘴金融贸易区内高楼林立，超级高楼大厦就有三座，可以说是上海最现代化的地方，在陆家嘴金融贸易区内，居然还有一个上海大自然昆虫博物馆，很难以理解为何会将昆虫博物馆建立于此，这座博物馆就位于滨江大道旁，别看是在大厦里面的，但是里面的面积和展出内容非常多。