首先说明，这里只涉及中科院直属研究单位，不涉及学校（如中国科学院大学、中国科学技术大学等）、公共支撑单位（文献情报中心等），更不包括林林总总的各类中科院直属院所的所级分支机构，如中科院某某所在某异地设立的某某研究院等。

北京：

1.数学与系统科学研究院；2.物理研究所；3.理论物理研究所；4.高能物理研究所；5.力学研究所；6.声学研究所；7.理化技术研究所；8.化学研究所；9.国家纳米科学中心；10.生态环境研究中心；11.过程工程研究所；12.地理科学与资源研究所；13.国家天文台；14.地质与地球物理研究所；15.青藏高原研究所；16.古脊椎动物与古人类研究所；17.大气物理研究所；18.植物研究所；19.动物研究所；20.心理研究所；21.微生物研究所；22.生物物理研究所；23.遗传与发育生物学研究所；24.北京基因组研究所；25.计算技术研究所；26.软件研究所；27.半导体研究所；28.微电子研究所；29.空天信息创新研究院；30.自动化研究所；31.电工研究所；32.工程热物理研究所；33.国家空间科学中心；34.自然科学史研究所；35.科技战略咨询研究院；36.信息工程研究所；37.数据与通信保护研究教育中心；38.空间应用工程与技术中心；39.北京综合研究中心；

天津：

1.天津工业生物技术研究所；

山西：

太原：1.山西煤炭化学研究所；

云南：

昆明：1.云南天文台；2.昆明动物研究所；3.昆明植物研究所；

西双版纳：1.西双版纳热带植物园；

新疆：

乌鲁木齐：1.新疆天文台；2.新疆理化技术研究所；3.新疆生态与地理研究所；

吉林：

长春：1.长春人造卫星观测站；2.长春光学精密机械与物理研究所；3.长春应用化学研究所；4.东北地理与农业生态研究所；

江苏：

南京：1.南京天文光学技术研究所；2.南京地质古生物研究所；3.南京土壤研究所；4.南京地理与湖泊研究所；5.紫金山天文台；

苏州：1.苏州纳米技术与纳米仿生研究所；2.苏州生物医学工程技术研究所；

辽宁：

大连：1.大连化学物理研究所；

沈阳：1.金属研究所；2.沈阳应用生态研究所；3.沈阳自动化研究所；

山东：

青岛：1.海洋研究所；2.青岛生物能源与过程研究所；

烟台：1.烟台海岸带研究所；

黑龙江：

哈尔滨：1.农业技术中心；

上海：

1.上海微系统与信息技术研究所；2.上海技术物理研究所；3.上海光学精密机械研究所；4.上海硅酸盐研究所；5.上海有机化学研究所；6.上海应用物理研究所；7.上海天文台；8.分子细胞科学卓越创新中心；9.脑科学与智能技术卓越创新中心；10.分子植物科学卓越创新中心；11.上海营养与健康研究所；12.上海药物研究所；13.上海巴斯德研究所；14.上海高等研究院；15.微小卫星创新研究院；

福建：

福州：1.福建物质结构研究所；

厦门：1.城市环境研究所；

浙江：

宁波：1.宁波材料技术与工程研究所；

江西：

赣州：1.赣江创新研究院；

安徽：

合肥：1.合肥物质科学研究院；

湖北：

武汉：1.武汉岩土力学研究所；2.精密测量科学与技术研究院；3.武汉病毒研究所；4.水生生物研究所；5.武汉植物园；

广东：

广州：1.南海海洋研究所；2.华南植物园；3.广州能源研究所；4.广州地球化学研究所；5.广州生物医药与健康研究院；

深圳：1.深圳先进技术研究院；

湖南：

长沙：1.长沙矿产资源勘察中心；2.亚热带农业生态研究所；

海南：

三亚：1.深海科学与工程研究所；

四川：

成都：1.成都生物研究所；2.成都山地灾害与环境研究所；3.光电技术研究所；

重庆：

1.重庆绿色智能技术研究院；

贵州：

贵阳：1.地球化学研究所；

陕西：

西安：1.西安光学精密机械研究所；2.国家授时中心；3.地球环境研究所；

甘肃：

兰州：1.近代物理研究所；2.兰州化学物理研究所；3.西北生态环境资源研究院；

青海：

西宁：1.青海盐湖研究所；2.西北高原生物研究所；