根据马克笔的颜料，一般分油性和水性、酒精性三种，来做具体处理：油性的颜料可用甲苯稀释，有较强的渗透力，尤其适合在描图纸（硫酸纸），用丁酯、风油精可以去除。

水性的颜料可溶于水，通常用于在较紧密的卡纸或铜版纸上作画。用沾水稀释（或冲洗后晾干）的方式去除。

酒精性的颜料，含有染料、变性酒精、树脂，墨水具挥发性，应于通风良好处使用。