有5所附属医院，包括内蒙古医科大学附属医院（第一附属医院）；内蒙古医科大学第二附属医院；第三附属医院；第四附属医院；附属人民医院。其中一附院为老牌三甲综合医院；二附属医院为北方地区实力较强的三甲骨科专科医院；三附属医院在包头，为三甲综合医院；四附属医院也在包头，为三级乙等综合医院；人民医院实力一般，三级乙等综合医院。