安徽医科大学直属附属医院6所，非直属附属医院9所。

直属附属医院：

第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属阜阳医院、安徽省口腔医院。

非直属附属医院：

附属省立医院（安徽省立医院），第三附属医院（合肥市第一人民医院）， 附属合肥医院（合肥市第二人民医院），附属安庆医院（安庆市立医院），附属六安医院（六安市人民医院），附属宿州医院（宿州市立医院），附属妇幼保健院（安徽省妇幼保健院），附属儿童医院（安徽省儿童医院），附属心理医院（安徽省精神卫生中心）。