1999年之前，进行进出口贸易活动时，外贸企业在向海关申报前，首先要申请商品检验、动植物检疫和卫生检疫，俗称"一关三检"。 1999年，全国各地的进出口商品检验局、动植物检疫局、卫生检疫局陆续合并，成立各地“出入境检验检疫局”,全名是“中华人民共和国XX出入境检验检疫局”。在国家层面，组建了“国家出入境检验检疫局”，垂直管理各地的出入境检验检疫局，内地31个省级的检验检疫局和深圳、珠海、厦门、宁波共35个局被称作“直属检验检疫局”，其下隶属的分布在各地各口岸的出入境检验检疫局或办事处被称作“检验检疫分支机构”。

2001年，原“国家出入境检验检疫局”和原“国家质量技术监督总局”合并组建“国家质量监督检验检疫总局”，简称“国家质检总局”，为国务院直属机构，主管全国质量、计量、出入境商品检验、出入境卫生检疫、出入境动植物检疫、进出口食品安全和认证认可、标准化等工作，并行使行政执法职能。国家质检总局对省（自治区、直辖市）质量技术监督机构实行业务领导，对出入境检验检疫机构实施垂直管理。 现在已不存在"一关三检"这种说法，一般的国际机场、陆路口岸、海港口岸有所谓的“一关两检”，指的是海关、边防检查站、检验检疫局。