区别如下：

（1）原核生物mRNA常以多顺反子的形式存在.真核生物mRNA一般以单顺反子的形式存在.

（2）原核生物mRNA的转录与翻译一般是偶联的,真核生物转录的mRNA前体则需经转录后加工,加工为成熟的mRNA与蛋白质结合生成信息体后才开始工作.

（3）原核生物mRNA半寿期很短,一般为几分钟.真核生物mRNA的半寿期较长,有的可达数日.

（4）原核与真核生物mRNA的结构特点也不同.