南京市第二医院由原南京市钟阜医院和南京市传染病医院于1996年合并组建，1997年通过省卫生厅评审，成为江苏省唯一的三级传染病医院。现为东南大学医学院附属医院，南京大学医学院、南京医科大学教学医院，镇江医学院检验系教学基地，徐州医学院和苏州医学院硕士生培养点。医院分设钟阜部（院机关所在地）和紫竹林部，占地近8万平方米，建筑面积近6万平方米。院内树木葱茏，百花争艳，环境优美，是一座典型的花园式医院。